Ya para 1550 desde el puerto de Acajutla en Sonsonate se exportaba a Nueva España (México) cerca de 50,000 cargas de cacao (una carga 58 lbs) poco mas o menos unos 29,000 qq de cacao según registros de los Españoles de la época. Convirtiéndose el cacao en el primer producto de
exportación de El Salvador.
Foto del puerto antiguo de Acajutla año 1909
Quines cultivaron el cacao en esa época, fueron los pueblos indígenas de esas zonas bajo el sistema de encomiendas, obligados a dar el cacao producido por ellos a los encomenderos españoles como tributo a la corona española. Los Españoles nunca lo cultivaron solo lo comercializaban hacia Nueva España (México) y de ahí a España; Así Transcurrieron los primeros 200 años de la colonia siendo el cacao el producto mas valioso de ese tiempo en estas tierra.
Hasta que en los mediados de los 1700 ocurrieron dos fenómenos importantes que contribuyeron al comienzo del declive del cultivo del cacao en las tierras de lo que hoy es El Salvador En España la corona abolió el sistemas de las encomiendas en sus colonias debido a los muchos excesos cometidos a las poblaciones indígena ; Como también el nacimiento y
erupciones constantes del volcán de Izalco, que se mantuvo haciendo erupciones periódicas por los siguientes 200 años (hasta 1966), arruinando con sus cenizas la mayoría de plantaciones de cacao existente en la zona.
Los indígenas, únicos cultivadores de cacao de esa época, ya no tenían ningún interés en renovar sus plantaciones de cacao dañadas por las cenizas del Izalco, según costa en documentos del alcalde mayor de Sonsonate quien era la máxima autoridad Española de esa época en dicha área. De tal manera, el cacao fue siendo sustituido por los cultivos del añil, la caña de azúcar, la ganaderías y también para mediados de los 1850 con café.
Quedando ya para 1821 época de nuestra independencia muy poco cacao existente en el país.
Volcán de Izalco haciendo erupción, grabado de 1862
Historia del cacao en el siglo XX y comienzo del XXI en El Salvador 
(110 años)

El cultivo del cacao en esta época en El Salvador casi desapareció, a excepción de unas 200 Mz sembradas en la Hacienda “La Carrera” en Usulután ; 100 Mz. en distintas fincas pequeñas en el departamento de Sonsonate, como también algunos pocos palos regados en distintas zonas del país remanentes de plantaciones antiguas. Todas estas plantaciones han sido manejadas en su gran mayoría con una tecnología mala y obsoleta, casi en un total abandono.
Cacaotal antiguo en Izalco
Cacaotal antiguo en Usulután
Debido esto al poco o nulo interés de investigación y fomento del cultivo del cacao por parte del ministerio de agricultura de los gobiernos de esas épocas, los cuales se enfocaron mas en otros cultivos tales como café; caña de azúcar y algodón.